Am Vormittag beginnen und enden die Regionalzüge aus und in Richtung Allgäu in Geltendorf oder werden ab Buchloe über Augsburg umgeleitet. Zwischen Geltendorf und Puchheim ist ein Busnotverkehr eingerichtet. Zwischen Puchheim und München fahren S-Bahnen. Sobald voraussichtlich am Nachmittag ein Gleis wieder frei ist, fahren die Regionalzüge auf diesem Gleis in beiden Richtungen zwischen Allgäu und München durch. Sie halten dann zwischen Geltendorf und München zusätzlich in Fürstenfeldbruck, Eichenau und Puchheim. Durch die Eingleisigkeit und die zusätzlichen Halte muss mit Verspätungen bis zu 30 Minuten gerechnet werden.

Im S-Bahn-Verkehr auf der Linie S4 wird voraussichtlich noch bis Freitagfrüh ein Schienenersatzverkehr mit Bussen und Taxen zwischen Fürstenfeldbruck und Puchheim bestehen bleiben. Auf den Streckenabschnitten Ebersberg - München - Puchheim und Fürstenfeldbruck - Geltendorf fahren die S-Bahnen nach Plan. Die Fahrgäste sollten bei ihrer Reiseplanung jedoch berücksichtigen, dass nach dem Schienenersatzverkehr durch das zweimalige Umsteigen erst der folgende S-Bahn-Takt erreicht wird.

Alternativ können ortskundige Fahrgäste auch auf die benachbarten S-Bahnlinien S8 mit Halt in Germering oder S3 mit Halt in Gröbenzell oder Olching ausweichen.