Zu den Tiefen gehört der erneute Wegfall innerdeutscher Strecken, für die kurzfristig kein Ersatz zu bekommen war. Mit 869.937 Passagieren verzeichnete der Flughafen im abgelaufenen Jahr einen Zuwachs um 14 Prozent gegenüber dem Vorjahr, als man 764.782 Fluggäste zählen konnte.

Für das Jahr 2013 rechnet man mit ähnlichen Zahlen. Mit der Fluggesellschaft Ryanair kann der Allgäu Airport im Sommerflugplan neue Strecken anbieten. Auf die griechische Insel Kreta und in den Südwesten von Marokko, nach Marrakesch, können die Passagiere von Memmingen aus fliegen. Ab 1. April fliegt Wizz Air zudem zwei Mal wöchentlich nach Targu Mures im Nordwesten Rumäniens.